O processo de transformação inicia com a construção de uma biblioteca genômica através da extração do DNA, macromolécula responsável pela informação genética que define as características do organismo, seguida do corte desse DNA com enzimas de restrição (tesouras moleculares) e da identificação do fragmento de DNA que codifica o gene desejado.

Posteriormente, esse DNA é ligado a fragmentos que se replicam em bactérias, e a colônia que tem o fragmento desejado é selecionada. Se for usado o método da biobalística, uma partícula de ouro ou tungstênio é envolvida pelo DNA que se enovela como linha em um suporte esférico. Num microbombardeador projetado para essa finalidade, as partículas são bombardeadas nas células ou tecidos vegetais da planta que se deseja transformar. Esses tecidos são corados com marcadores que confirmam que o DNA integrou-se ao tecido-alvo; os tecidos, colocados em meios de cultura apropriados, regeneram uma planta fértil modificada apenas pela introdução do novo gene. O restante do genoma permanece inalterado. Entretanto, podem ocorrer interações indesejáveis entre o substrato genético e o novo gene, que precisam de ser investigadas, antes da liberação para uso.

Os genótipos obtidos, entretanto, diferentemente de uma vacina ou um medicamento, para gerar lucros, devem adaptar-se aos agroecossistemas locais e representar um ganho econômico significativo para o agricultor. Portanto, essa nova biotecnologia, como as outras dominadas pela espécie humana, pode ser de grande utilidade pública e, portanto, gerar disputas relacionadas com os interesses comerciais envolvidos.