A mutação atua através de modificações químicas no DNA, as quais são causadas por fatores físicos como temperaturas extremas, radiações ionizantes e inúmeros produtos químicos naturais e sintéticos. Além dos fatores físicos e químicos que causam as mutações, existem, naturalmente, elementos chamados transposons. Estes elementos são equivalentes a vírus e transferem, de forma aleatória, porções de DNA dentro dos genomas e entre genomas de espécies totalmente diferentes. Assim sendo, além das recombinações genéticas causadas por cruzamentos naturais ou artificiais, também a transferência de genes isolados, de segmentos de DNA ao invés de blocos de genes, não é novidade na natureza.

Mutação e seleção são os mecanismos de origem e regulação da variabilidade existente. Quando ocorre isolamento geográfico entre populações, a exploração de nichos ecológicos distintos leva à seleção natural de mutações distintas. Estas populações isoladas são consideradas espécies novas quando, entrando novamente em contato, se mostram reprodutivamente isoladas, seja porque não podem mais cruzar entre si ou porque seus híbridos são estéreis. Pelo fato de não se cruzarem mais, acumulam mais diferenças, levando à diversificação em níveis de classificação cada vez mais distantes como gêneros, tribos, famílias e reinos.

Através dos mecanismos de evolução biológica, a engenharia genética ocorre na natureza desde a origem da vida no planeta. Todos os seres vivos, microorganismos, plantas, animais e a própria espécie humana, tiveram origem através da produção de variabilidade genética gerada por modificações genéticas ou mutações. Os indivíduos portadores de mutações que resultaram em melhor adaptação aos ecossistemas, e em taxas de reprodução superiores, foram mantidos pela seleção natural. A hereditariedade é uma força conservadora, que faz os descendentes se assemelharem aos pais. A evolução é antítese da constância e não existiria se a hereditariedade fosse perfeitamente exata.

A evolução biológica por seleção natural não é mais considerada uma teoria, mas um fato científico experimentalmente demonstrado. A seleção natural dirige as mudanças evolutivas quando favorece a sobrevivência, dentro de cada ambiente, de variantes geradas pela mutação, a fonte primária de toda a variabilidade genética existente. As modificações genéticas existem na natureza desde o início da vida na terra e a vida que aí está, as espécies atuais e as extintas durante a evolução biológica, são resultado desta experimentação da natureza. O ser humano é resultado desta experimentação que ainda continua.

O homem imita os processos da evolução vegetal, nas estações experimentais, há mais de 200 anos. Na França, a variabilidade genética começou a ser trabalhada cientificamente pela casa Vilmorin, a primeira empresa de melhoramento moderna. Os Vilmorin selecionaram uma beterraba com maior teor de açúcar cujo acréscimo de rendimento gerou dividendos equivalentes aos gastos do exército francês durante as guerras napoleônicas. Qual seria a lógica de proibir ou impedir o plantio da beterraba para impedir as guerras de conquista de Napolão Bonaparte?

Seguindo o exemplo dos Vilmorin, foram criadas redes de pesquisa agronômica nas estações experimentais dos ministérios e das secretarias de agricultura no mundo todo, com o objetivo de apoiar os produtores de alimentos.

No Brasil, uma rede oficial vinculada diretamente ao Ministério da Agricultura e, nos últimos 25 anos, à Embrapa (Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária), testa o comportamento agronômico dos novos genótipos gerados pelos diversos programas de melhoramento nacionais, os quais constituirão a matéria-prima para a produção de alimentos no país. Para tanto, ensaios são instalados em regiões representativas dos vários agroecosistemas identificados para a atividade agrícola brasileira.

Assim sendo, não foi com o advento da transgênese que se inventou a transferência da variabilidade genética. Esta apenas passou a ter maiores possibilidades de ser mais ampla e eficientemente utilizada e de forma mais controlada e precisa. O uso da variabilidade genética no melhoramento cientificamente programado tampouco está sendo iniciado com a transgênese. Esta apenas permite eliminar a limitação imposta pelas barreiras de isolamento reprodutivo entre espécies, que impedem a passagem de genes de um organismo para outro através de cruzamentos convencionais.