Dezembro, 2007	82
		Passo Fundo, RS

BANCO DE DADOS DE TRITICEAE: RECUPERAÇÃO E ANÁLISE DE SEQÜÊNCIAS GÊNICAS DE Triticum spp.¹

Lago, M.²; Basso, C. B.³; Nhani Júnior, A.⁴

A importância econômica do trigo, e os problemas relacionados ao seu cultivo, causados por estresses bióticos e abióticos, levou a comunidade científica a um esforço mundial na busca de soluções. As diferentes abordagens utilizadas geraram uma grande quantidade de informação, disponíveis em repositórios de dados públicos. Uma das abordagens envolve a obtenção de etiquetas de seqüências expressas (ESTs – Expressed Sequence Tags) que são indicadores da expressão gênica em uma determinada condição fisiológica. Tamanha quantidade de dados representa uma riqueza a ser explorada. Para estruturar um banco de dados com informações relevantes às culturas foco de pesquisa da Embrapa Trigo, ESTs da tribo Triticeae foram recuperadas do NCBI (National Center of Biotecnology Information - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), um dos principais repositórios de seqüências. Até o momento, este trabalho apresenta resultados na classificação e recuperação de seqüências do genero Triticum, onde aproximadamente 1 milhão de seqüências de ESTs – com a ajuda de scripts desenvolvidos na linguagem de programação PERL e as ferramentas do Sistema Operacional Linux – foram classificadas por espécie, tecido e tipo de estresse. Os dados foram armazenados em arquivos texto e representam “bibliotecas virtuais” de seqüências do gênero Triticum que posteriormente serão utilizadas na criação de um Banco de Dados de seqüências gênicas na empresa.

¹ Apoio Financeiro: FINEP e Ministério da Ciência e Tecnologia – MCT (FNDCT/CT/INFRA).
² Acadêmico de graduação da Faculdade de Biomedicna da ULBRA. E-mail: magobio@yahoo.com.br.
³ Analista de sistemas da Embrapa Trigo. E-mail: carla@cnpt.embrapa.br.
⁴ Pesquisador da Embrapa Trigo, orientador. E-mail: nhani@cnpt.embrapa.br.

Documentos Online Nº 82 Publicações Online

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