O grande número de ingredientes ativos registrados para a cultura de soja provoca dificuldades na hora de escolher qual o melhor produto para determinada situação. As dificuldades aumentam ainda mais com as possíveis associações desses compostos. Soja é a cultura que possui o maior número de ingredientes ativos registrados (Rodrigues & Almeida, 1994).

A escolha do herbicida a ser usado depende basicamente do custo do tratamento, da eficiência sobre as plantas daninhas que estão ocorrendo na área, do tipo de solo, do sistema de cultivo, da tolerância da cultura, da cultura que será usada em rotação e das culturas adjacentes.

Depois de escolhido o produto, deve-se decidir sobre a dose a ser usada. A dose de herbicida a ser empregada para produtos absorvidos pelas raízes das plantas, aplicados em pré ou pós-emergência, depende, além da cultura e das espécies daninhas, da textura, da CTC efetiva e da matéria orgânica do solo. Geralmente solos com textura leve e nível de matéria orgânica baixo requerem doses menores de herbicida do que solos pesados e com maior nível de matéria orgânica para proporcionar controle efetivo das plantas daninhas. A maioria dos herbicidas de solo possuem recomendação diferenciada para cada tipo de solo, em que: a menor dose é usada em solos arenosos, a dose intermediária em solos médios e a maior em solos argilosos.

A persistência dos herbicidas é extremamente importante para proporcionar controle de plantas daninhas durante o período crítico de competição e para determinar quais as culturas que poderão ser instaladas na próxima safra. Alguns herbicidas possuem longo efeito residual e, assim, podem causar danos a culturas implantadas posteriormente. A persistência de um herbicida varia de acordo com diversos fatores, como: adsorção, lixiviação, decomposição microbiana e química.

É importante que seja levado em consideração a persistência dos herbicidas, principalmente em situações em que há necessidade de reinstalar a cultura. O replantio da cultura ou de outra cultura em seu lugar, após ter ocorrido a aplicação do herbicida, deve ser realizado com muito cuidado. Nesses casos, antes de eleger a cultura a ser instalada na área o agricultor deve verificar a sensibilidade desta cultura aos produtos que foram aplicados. Atrazine é um produto que apresenta limitações para algumas culturas, como soja. O resíduo de alguns herbicidas pode permanecer durante longo período no solo. Fomesafen e imazaquin podem afetar a cultura de milho-safrinha.

Para facilitar a escolha do produto, o agricultor primeiramente deve conhecer quais as espécies daninhas que infestam a área, onde se localizam e em que proporções. Isso permite ao agricultor escolher entre os produtos aplicados em pré-plantio incorporado (PPI), em pré-emergência ou em pós-emergência aquele mais indicado. Dependendo da espécie infestante a opção pode recair sobre apenas um desses métodos de aplicação. Algumas plantas daninhas são controladas com maior facilidade em pré-emergência, como é o caso do fedegoso (Senna obtusifolia).

Em uma segunda etapa deve-se eliminar produtos com restrições a culturas sucessivas que poderão ser implantadas. Em terceiro lugar, selecionar os produtos e doses adequadas para uso de acordo com as características do solo (textura, nível de matéria orgânica e CTC). Alguns herbicidas exigem o emprego de doses extremamente elevadas em solos com elevado nível de matéria orgânica, aumentando demasiadamente o custo do tratamento. Em quarto lugar, escolher herbicida com possibilidade de aplicação por mais de um método e produtos com ação sobre plantas estabelecidas (pós-emergente) com residual. Assim, o produto controlará as espécies já instaladas na área e aquelas originadas de novos fluxos germinativos.