Plantas daninhas perenes são aquelas que possuem ciclo de vida maior que dois anos. Essas espécies, durante o inverno, podem perder suas folhas e permanecer com as estruturas (gemas) vegetativas dormentes. Na primavera, retomam o crescimento usando as reservas depositadas em seu sistema radicular ou em estruturas subterrâneas. Áreas infestadas com espécies perenes constituem sério problema em razão da elevada capacidade reprodutiva e persistência dessas espécies.

A propagação de plantas perenes ocorre via sementes, como as plantas daninhas anuais e bianuais, e vegetativamente, por meio de bulbos, tubérculos, rizomas e estolões. O fracionamento destes órgãos multiplica a espécie, pois cada fragmento poderá originar rapidamente nova planta. Assim, as práticas de preparo do solo ou uso de equipamentos que fracionem essas plantas poderão estar contribuindo para aumentar o número de indivíduos dessas espécies na área.

O estabelecimento de plantas oriundas de partes vegetativas é mais rápido do que aquele de plantas oriundas de sementes, aumentando sua capacidade de causar danos à soja. As plantas daninhas perenes competem com as culturas da mesma forma que as anuais, porém sua capacidade competitiva é maior, devido ao seu crescimento inicial rápido. Desse modo, se essas espécies não forem controladas com eficiência, poderão superar a cultura rapidamente, afetando o rendimento. Além da competição pelos recursos (água, nutrientes, luz, espaço e CO₂), algumas espécies perenes possuem efeito alelopático sobre as culturas, aumentando ainda mais a possibilidade de afetar a produtividade.