O sistema plantio direto além de causar menor impacto ambiental, auxilia na redução da infestação de plantas daninhas. A cobertura morta, formada por restos de culturas antecessoras ou por uma cultura instalada especialmente para esse fim, é fundamental para sucesso do sistema plantio direto. A aveia-preta, a aveia-branca e o azevém são muito usadas devido à sua intensa produção de matéria seca e efeito alelopático, principalmente de aveia-preta sobre capim-marmelada, de aveia-branca sobre picão-preto e de azevém sobre guanxuma.

No caso de se instalar uma cultura para produzir cobertura morta, esta deverá ser dessecada antes da semeadura de soja. Essa prática controlará as plantas daninhas estabelecidas e as demais espécies presentes, formando palhada sobre o solo (cobertura morta).

A palhada formada sobre o solo exerce efeito físico, impedindo a entrada de luz e alterando as características do ambiente, como temperatura e umidade, onde se encontram as sementes de plantas daninhas, reduzindo a germinação das mesmas. Entretanto, o excesso de palha na superfície do solo pode reter o herbicida e impedir que o mesmo atinja o solo e exerça sua atividade.

O controle químico de plantas daninhas no sistema plantio direto é similar ao preparo convencional com duas diferenças básicas:

• plantas daninhas estabelecidas podem ser eliminadas com uso de herbicidas totais antes da semeadura da cultura.
• não é possível usar herbicidas em pré-plantio incorporado, os demais podem ser usados sem problemas.